prikaz prve stranice dokumenta Matrice udaljenosti, reducirani skriveni Markovljevi modeli i usporedba sekundarnih struktura proteina
Pristup korisnicima matične ustanove
diplomski rad
Matrice udaljenosti, reducirani skriveni Markovljevi modeli i usporedba sekundarnih struktura proteina
2012. urn:nbn:hr:217:497937
Zagorščak, Maja
Sveučilište u Zagrebu
Prirodoslovno-matematički fakultet
Biološki odsjek

Citirajte ovaj rad

Zagorščak, M. (2012). Matrice udaljenosti, reducirani skriveni Markovljevi modeli i usporedba sekundarnih struktura proteina (Diplomski rad). Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet. Preuzeto s https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:497937

Zagorščak, Maja. "Matrice udaljenosti, reducirani skriveni Markovljevi modeli i usporedba sekundarnih struktura proteina." Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2012. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:497937

Zagorščak, Maja. "Matrice udaljenosti, reducirani skriveni Markovljevi modeli i usporedba sekundarnih struktura proteina." Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2012. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:497937

Zagorščak, M. (2012). 'Matrice udaljenosti, reducirani skriveni Markovljevi modeli i usporedba sekundarnih struktura proteina', Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, citirano: 18.04.2024., https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:497937

Zagorščak M. Matrice udaljenosti, reducirani skriveni Markovljevi modeli i usporedba sekundarnih struktura proteina [Diplomski rad]. Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet; 2012 [pristupljeno 18.04.2024.] Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:497937

M. Zagorščak, "Matrice udaljenosti, reducirani skriveni Markovljevi modeli i usporedba sekundarnih struktura proteina", Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, Zagreb, 2012. Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:497937

Za citiranje koristite ovu mrežnu adresu: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:497937
Prijavite se u repozitorij kako biste mogli spremiti objekt u svoju listu.
Podaci o radu
NaslovMatrice udaljenosti, reducirani skriveni Markovljevi modeli i usporedba sekundarnih struktura proteina
Naslov (engleski)Distance matrices, reduced Hidden Markov models and protein secondary structure comparison
AutorMaja Zagorščak
MentorPavle Goldstein (mentor)
Član povjerenstvaDamjan Franjević (predsjednik povjerenstva)
Član povjerenstvaPavle Goldstein (član povjerenstva)
Član povjerenstvaMaja Matulić (član povjerenstva)
Član povjerenstvaMladen Kučinić (član povjerenstva)
Ustanova koja je dodijelila
akademski / stručni stupanj		Sveučilište u Zagrebu
Prirodoslovno-matematički fakultet
(Biološki odsjek)
Zagreb
Datum i država obrane2012-12-20, Hrvatska
Znanstveno / umjetničko
područje, polje i grana		PRIRODNE ZNANOSTI
Biologija
Sažetak
Tema rada je prepoznavanje supra-sekundarne strukture proteina kombinacijom metoda matrica udaljenosti i reduciranih skrivenih Markovljevih modela za profile. Na polipeptidnim lancima na kojima je prethodno anotirana supra-sekundarna struktura pomoću matrica udaljenosti, kombinacijom Position Specic Scoring Matrix (PSSM) tehnike i inverznog algoritma za računanje posteriornih vjerojatnosti, promatra se pridruzivanje između pozicija u modelu i pozicija u lancu. U rezultatima se vide jasne razlike u vrijednosti optimalnog pridruživanja za nizove koji sadrže supra-sekundarnu strukturu i nizove koji je ne sadrže. Na korištenim podacima, sličnost na razini tercijarne strukture uspješno je prepoznata kao udaljena homologija na primarnoj razini.
Sažetak (engleski)
This work discusses recognition of protein supra-secondary structure by combining two methods: distance matrices (DM) and reduced profle Hidden Markov Models (rHMMp). Distance matrix method was frst used to detect supra-secondary structure elements in polypeptide chains. This was used to build a model (rHMMp), and an optimal model- sequence assignment was generated using Position Specifc Scoring Matrix (PSSM) and inverse posterior assignment (IPA) techniques. Results show a clear diference in optimal scores between sequences with supra-secondary structure elements and those without. It can be seen that, on data-sets used, structure similarity has been successfully recognized as distant homology at primary structure level.
Ključne riječi
Ključne riječi (engleski)
Jezikhrvatski
URN:NBNurn:nbn:hr:217:497937
Studijski programNaziv: Molekularna biologija
Vrsta studija: sveučilišni
Stupanj studija: diplomski
Akademski / stručni naziv: magistar/magistra molekularne biologije (mag. biol. mol.)
Vrsta resursaTekst
Način izrade datotekeIzvorno digitalna
Prava pristupaPristup korisnicima matične ustanove
Uvjeti korištenjaIkona licence Zaštićeno autorskim pravom.
Datum i vrijeme pohrane2017-05-02 12:26:03