prikaz prve stranice dokumenta Optimizacija izolacije zigotnih embrija uročnjaka (Arabidopsis thaliana (L.) Heynh.) u svrhu istraživanja kvantitativne ekspresije gena
  Preuzmi
PDF 2.16 MB
diplomski rad
Optimizacija izolacije zigotnih embrija uročnjaka (Arabidopsis thaliana (L.) Heynh.) u svrhu istraživanja kvantitativne ekspresije gena
2021. urn:nbn:hr:217:483614
Demir, Tanita
Sveučilište u Zagrebu
Prirodoslovno-matematički fakultet
Biološki odsjek

Citirajte ovaj rad

Demir, T. (2021). Optimizacija izolacije zigotnih embrija uročnjaka (Arabidopsis thaliana (L.) Heynh.) u svrhu istraživanja kvantitativne ekspresije gena (Diplomski rad). Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet. Preuzeto s https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:483614

Demir, Tanita. "Optimizacija izolacije zigotnih embrija uročnjaka (Arabidopsis thaliana (L.) Heynh.) u svrhu istraživanja kvantitativne ekspresije gena." Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2021. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:483614

Demir, Tanita. "Optimizacija izolacije zigotnih embrija uročnjaka (Arabidopsis thaliana (L.) Heynh.) u svrhu istraživanja kvantitativne ekspresije gena." Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2021. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:483614

Demir, T. (2021). 'Optimizacija izolacije zigotnih embrija uročnjaka (Arabidopsis thaliana (L.) Heynh.) u svrhu istraživanja kvantitativne ekspresije gena', Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, citirano: 16.04.2024., https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:483614

Demir T. Optimizacija izolacije zigotnih embrija uročnjaka (Arabidopsis thaliana (L.) Heynh.) u svrhu istraživanja kvantitativne ekspresije gena [Diplomski rad]. Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet; 2021 [pristupljeno 16.04.2024.] Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:483614

T. Demir, "Optimizacija izolacije zigotnih embrija uročnjaka (Arabidopsis thaliana (L.) Heynh.) u svrhu istraživanja kvantitativne ekspresije gena", Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, Zagreb, 2021. Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:483614

Za citiranje koristite ovu mrežnu adresu: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:483614
Prijavite se u repozitorij kako biste mogli spremiti objekt u svoju listu.
Podaci o radu
NaslovOptimizacija izolacije zigotnih embrija uročnjaka (Arabidopsis thaliana (L.) Heynh.) u svrhu istraživanja kvantitativne ekspresije gena
Naslov (engleski)Optimization of Arabidopsis thaliana (L.) Heynh. zygotic embryo isolation for subsequent use in quantitative gene expression analysis
AutorTanita Demir
MentorNataša Bauer (mentor)
Član povjerenstvaNataša Bauer (predsjednik povjerenstva)
Član povjerenstvaMartina Šeruga Musić (član povjerenstva)
Član povjerenstvaŽeljka Vidaković-Cifrek (član povjerenstva)
Član povjerenstvaDunja Leljak-Levanić (član povjerenstva)
Ustanova koja je dodijelila
akademski / stručni stupanj		Sveučilište u Zagrebu
Prirodoslovno-matematički fakultet
(Biološki odsjek)
Zagreb
Datum i država obrane2021-02-26, Hrvatska
Znanstveno / umjetničko
područje, polje i grana		PRIRODNE ZNANOSTI
Biologija
Sažetak
Analize genske ekspresije u pojedinim embrionalnim stadijima daju uvid u genetske mehanizme i regulatorne mreže koji omogućuju potpuni razvoj embrija. Zbog točno određenog i predvidljivog razvoja tijekom embriogeneze, uročnjak (Arabidopsis thaliana (L.) Heynh.) je idealan model u takvim istraživanjima. Brojne tehničke poteškoće povezane s izolacijom različitih stadija zigotnih embrija otežavaju analize ekspresije gena tijekom embriogeneze. Ovim radom uhodane su lako primjenjive metode izolacije pojedinih stadija embrija uročnjaka koje omogućuju izdvajanje velikog broja čistih embrija, oslobođenih od stanica majčinske biljke koje u ovakvom tipu istraživanja predstavljaju kontaminaciju. Uhodan je postupak mikromanipulacije zigotnih embrija, upotrebom invertnog mikroskopa s mikrodisektorom, koji omogućuje izdvajanje nekoliko razvojnih stadija embrija. Na različitim transgeničnim i mutantnim linijama uročnjaka provedena je metoda izolacije dovoljne količine mRNA za analize ekspresije gena u kotiledonarnim embrijima. Metodom reverzne transkripcije mRNA su prepisane u cDNA koja je korištena kao kalup za umnažanje u kvantitativnoj lančanoj reakciji polimeraze (qPCR), te je analizirana relativna ekspresija gena CML41 i FBW2 u kotiledonarnim embrijima. Provedeno istraživanje ukazuje da je za analizu genske ekspresije do 6 gena metodom qPCR potrebno izolirati ukupnu mRNA iz 70-tak kotiledonarnih embrija. Metode izolacije embrija i mRNA provedene u ovom radu pomoći će u planiranju eksperimenata transkriptomske analize embrija u budućim istraživanjima.
Sažetak (engleski)
Gene expression analyses at individual embryonic stages give insight into genetic mechanisms and regulatory networks which enable completion of embryonic development. Due to its precise and predictable pattern of embryogenesis, Arabidopsis thaliana (L.) Heynh. represents an ideal model plant. Numerous technical difficulties of zygotic embryo isolation at different stages hinder gene expression analyses during embryogenesis. Here, easily applicable methods of A. thaliana embryo isolation were described, enabling separation of a large number of embryos clean from surrounding tissues. A micromanipulation procedure using inverted microscope with microdissector was optimized, enabling isolation of embryos at different developmental stages. Furthermore, a method of mRNA isolation from cotyledonary embryos of different transgenic and mutant lines in quantities sufficient for subsequent gene expression analysis was performed. Using reverse transcription method, equivalent quantities of mRNA were transcribed to cDNA, which was used as template for amplification in quantitative polymerase chain reaction (qPCR) and relative gene expression levels of CML41 and FBW2 in cotyledonary embryos were analysed. This research shows that total mRNA isolated from 70 cotyledonary embryos is sufficient for quantitative gene expression analysis by qPCR of at least 6 genes. Embrio and mRNA isolation methods performed in this research will help in future planning of embryo transcriptome analyses.
Ključne riječi
Ključne riječi (engleski)
Jezikhrvatski
URN:NBNurn:nbn:hr:217:483614
Studijski programNaziv: Molekularna biologija
Vrsta studija: sveučilišni
Stupanj studija: diplomski
Akademski / stručni naziv: magistar/magistra molekularne biologije (mag. biol. mol.)
Vrsta resursaTekst
Način izrade datotekeIzvorno digitalna
Prava pristupaOtvoreni pristup
Uvjeti korištenjaIkona licence Zaštićeno autorskim pravom.
Datum i vrijeme pohrane2021-03-09 08:08:59