prikaz prve stranice dokumenta GENOMIKA I OSOBITOSTI PONAVLJAJUĆIH DNA ŠKOLJKAŠA IZ PORODICE OSTREIDAE
  Preuzmi
PDF 6.13 MB
doktorski rad
GENOMIKA I OSOBITOSTI PONAVLJAJUĆIH DNA ŠKOLJKAŠA IZ PORODICE OSTREIDAE
2024. urn:nbn:hr:217:270005
Tunjić Cvitanić, Monika
Sveučilište u Zagrebu
Prirodoslovno-matematički fakultet
Biološki odsjek

Citirajte ovaj rad

Tunjić Cvitanić, M. (2024). GENOMIKA I OSOBITOSTI PONAVLJAJUĆIH DNA ŠKOLJKAŠA IZ PORODICE OSTREIDAE (Doktorski rad). Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet. Preuzeto s https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:270005

Tunjić Cvitanić, Monika. "GENOMIKA I OSOBITOSTI PONAVLJAJUĆIH DNA ŠKOLJKAŠA IZ PORODICE OSTREIDAE." Doktorski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2024. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:270005

Tunjić Cvitanić, Monika. "GENOMIKA I OSOBITOSTI PONAVLJAJUĆIH DNA ŠKOLJKAŠA IZ PORODICE OSTREIDAE." Doktorski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2024. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:270005

Tunjić Cvitanić, M. (2024). 'GENOMIKA I OSOBITOSTI PONAVLJAJUĆIH DNA ŠKOLJKAŠA IZ PORODICE OSTREIDAE', Doktorski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, citirano: 30.04.2024., https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:270005

Tunjić Cvitanić M. GENOMIKA I OSOBITOSTI PONAVLJAJUĆIH DNA ŠKOLJKAŠA IZ PORODICE OSTREIDAE [Doktorski rad]. Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet; 2024 [pristupljeno 30.04.2024.] Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:270005

M. Tunjić Cvitanić, "GENOMIKA I OSOBITOSTI PONAVLJAJUĆIH DNA ŠKOLJKAŠA IZ PORODICE OSTREIDAE", Doktorski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, Zagreb, 2024. Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:270005

Za citiranje koristite ovu mrežnu adresu: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:270005
Prijavite se u repozitorij kako biste mogli spremiti objekt u svoju listu.
Podaci o radu
NaslovGENOMIKA I OSOBITOSTI PONAVLJAJUĆIH DNA ŠKOLJKAŠA IZ PORODICE OSTREIDAE
Naslov (engleski)GENOMICS AND PECULIARITIES OF THE REPETITIVE DNAs OF THE OYSTERS IN THE FAMILY OF OSTREIDAE
AutorMonika Tunjić Cvitanić
MentorMiroslav Plohl (mentor)
MentorEva Šatović Vukšić (komentor)
Član povjerenstvaVišnja Besendorfer (predsjednik povjerenstva)
Član povjerenstvaĐurđica Ugarković (član povjerenstva)
Član povjerenstvaPetra Korać (član povjerenstva)
Ustanova koja je dodijelila
akademski / stručni stupanj		Sveučilište u Zagrebu
Prirodoslovno-matematički fakultet
(Biološki odsjek)
Zagreb
Datum i država obrane2024, Hrvatska
Znanstveno / umjetničko
područje, polje i grana		PRIRODNE ZNANOSTI
Biologija
Univerzalna decimalna klasifikacija
(UDC)		577 - Biokemija. Molekularna biologija. Biofizika
Sažetak
Ponavljajuća DNA u mnogim organizmima čini velik, ali neistražen dio genoma. Za vrstu Crassostrea gigas bioinformatički je utvrđeno da repeatom dominantno grade satDNA i PGE, a najbrojnija satDNA je Cg170. Bioinformatički su utvrđeni satelitomi srodnih vrsta kamenica C. gigas, Crassostrea angulata, Crassostrea virginica i Ostrea edulis. U sklopu centromere C. gigas najbrojnije DNA su transpozoni i satDNA, a u heterokromatinu najbrojniji su DNA transpozoni. Više od 75 % satelitoma te vrste pokazalo je sličnost s elementima Helitron. Analizom postranih regija monomera ili nizova satDNA utvrđeno je da se samo jedna satDNA nalazi isključivo u sklopu elementa Helitron, dvjema je većina monomera/nizova monomera samostalna, a osam satDNA u podjednakim je omjerima prisutno samostalno i u sklopu elementa. Niz satDNA zajednički je svim ispitanim vrstama, a C. gigas i C. angulata dijele najveći broj zajedničkih satDNA. U C. gigas nije otkriveno tipično nakupljanje satDNA na određenim kromosomskim pozicijama, čime je u ovoj vrsti ustanovljen novi (visokoraspršeni) obrazac organizacije satDNA na razini genoma.
Sažetak (engleski)
Repetitive DNA constitutes big, but still uninvestigated genome part. For the oyster Crassostrea gigas it was bioinformatically determined that the repeatome is mainly constituted of satDNAs and mobile elements, and the most abundant satDNA is Cg170. The satellitomes of four closely related species, C. gigas, Crassostrea angulata, Crassostrea virginica and Ostrea edulis, were bioinformatically determined. The most abundant sequences in the centromere of C. gigas are DNA transposons and satDNAs, while in heterochromatin the most abundant are DNA transposons. More than 75% of satellitome of this species showed similarity to Helitrons. Analysis of conserved boxes adjacent to monomers or tandem repeats of satDNAs showed that only one satDNA exists integrated into Helitrons, two have majority of their monomers/tandem repeats as standalone organizational form, and eight satDNAs have equally present monomers/tandem repeats in both forms. All analyzed species have several satDNAs in common, but C. gigas and C. angulata share the highest number of common satDNAs. SatDNAs in C. gigas did not show typical clustering at certain chromosomal positions but new organizational pattern: highly scattered across the genome.
Ključne riječi
Ključne riječi (engleski)
Jezikhrvatski
URN:NBNurn:nbn:hr:217:270005
Datum promocije2024
ProjektŠifra: IP-2014-09-3183
Naziv: Centromerna genomika beskralježnjaka
Naziv: Invertebrate centromere genomics
Kratica: CENGEN
Voditelj: Miroslav Plohl
Pravna nadležnost: Hrvatska
Financijer: HRZZ
Linija financiranja: IP
ProjektŠifra: IP-2019-04-5522
Naziv: Rasvjetljavanje evolucije satelitnih DNA visokoprotočnim analizama satelitoma srodnih vrsta
Naziv: Satellite DNA evolution illuminated by high-throughput satellitome analyses of related species
Kratica: EvoSat
Voditelj: Brankica Mravinac
Pravna nadležnost: Hrvatska
Financijer: HRZZ
Linija financiranja: IP
Studijski programNaziv: Biologija
Vrsta studija: sveučilišni
Stupanj studija: doktorski studij
Akademski / stručni naziv: doktor/doktorica znanosti u području prirodnih znanosti (dr. sc. natur.)
Vrsta resursaTekst
Način izrade datotekeIzvorno digitalna
Prava pristupaOtvoreni pristup
Uvjeti korištenjaIkona licence Zaštićeno autorskim pravom.
Datum i vrijeme pohrane2024-04-02 09:53:00