The implementation of genomic selection (GS) together with the changes caused by globalization and trade liberalization of breeding material often raise the question of sustainability of breeding programs in small cattle populations/countries. The objective of this study was to describe the steps in the implementation of GS in small populations of Croatian Simmental (SIM) and Holstein (HOL) breeds; to show the results of its implementation; and to present the perspectives of GS for these populations. In order to improve the selection of SIM bulls, Croatia joined the German-Austrian genomic evaluation system in July 2013. The main goal of the GS in HOL population was selection of bull’s dams at a young age which started in 2016 through the inclusion in German HOL genomic evaluation system. In total, 268 SIM and 96 HOL calves were selected, genotyped, and genomically tested until the end of 2017. The criterion for the entry of SIM bulls in the artificial insemination (AI) centres is the total merit index over 130 and candidates should not be carriers of specific monogenic defects or be recessive for them. Based on these criteria, seven young bulls were selected as for AI. The criteria for the selection of HOL females are the total merit index of 150, without monogenic defects and so far none of them reached these standards. The future perspective for HOL breed is international IgHol project for small HOL populations representing the possibility for cost-efficient solutions of GS. The implementation of GS brought opportunity to Croatian breeders to use semen of bulls from the national breeding program. Genomics for females becomes an attractive option to capitalise the benefits of using this technology.; Tehnološki napredak i uvođenje genomske selekcije potaknuti globalizacijom i liberalizacijom tržišta rasplodnog materijala doveli su u pitanje održivost postojećih nacionalnih uzgojnih programa posebice u manjim državama. Cilj ovog rada je bio: opisati postupke pri uvođenju i provedbi genomske selekcije u malim populacijama simentalske (SIM) i holstein (HOL) pasmine goveda u Republici Hrvatskoj (HR); predstaviti rezultate uvođenja genomske selekcije; i prikazati perspektive koje genomika nudi za ove populacije. S ciljem unapređenja odabira SIM bikova, RH se pridružila sustavu genomskog vrednovanja Njemačke i Austrije u srpnju 2013. godine. Cilj uvođenja genomske selekcije za HOL populaciju temeljio se na odabiru potencijalnih bikovskih majki u ranoj dobi, a započeo je 2016. godine uključenjem u sustav njemačkog genomskog vrednovanja za HOL pasminu. Ukupno je 268 SIM i 96 HOL teladi odabrano, genotipizirano i za njih je bilo provedeno genomsko vrednovanje. Preporučeni kriterij za ulazak mladih SIM bikova u centre za umjetno osjemenjivanje je genomski optimizirana uzgojna vrijednost za ukupan selekcijski indeks iznad 130, a ujedno kandidati ne smiju ispoljavati genetske defekte niti biti nositelji istih. Na osnovi ovih kriterija, sedam je mladih bikova bilo uključeno u sustav umjetnog osjemenjivanja. Preporučeni kriterij za odabir ženskih grla HOL pasmine je ukupni selekcijski indeks iznad 150, a kandidatkinje ne smiju ispoljavati niti biti nositeljice genetskih defekata. Do sada niti jedno genotipizirano žensko grlo nije zadovoljilo ove standarde. Alternativa njemačkom sustavu genomskog vrednovanja je međunarodni projekt za male HOL populacije (IgHol) koji predstavlja mogućnost ekonomski prihvatljive genomske selekcije. Provođenje aktivnosti genomske selekcije u RH omogućilo je korištenje sjemena bikova iz nacionalnog uzgojnog programa.