This paper examines the educational system in South East Europe (SEE) within the framework of opportunities coming from the European Union, particularly Horizon 2020, a recent EU innovation and research programme. The specific goal of this article is to measure the impact of the performance of universities in South East Europe and the likelihood of obtaining EU programmes, specifically Horizon 2020 projects. The additional aim is to investigate whether high-ranking universities are successful in obtaining Horizon 2020 projects and, more specifically, if university performance is a significant factor in the success rate in obtaining Horizon 2020 projects. In order to analyse this phenomenon empirically, we compare the main public universities of South East Europe and consider their overall performance in relation to EU programmes obtained. The final outcome of the paper is that there is a clear relationship between the university performance and obtaining Horizon 2020 projects. Therefore, the high performance of a university positively correlates with a high success rate in obtaining Horizon 2020 projects for most of the universities.; U ovom se radu analizira obrazovni sustav u jugoistočnoj Europi (JIE), u okviru mogućnosti koje pruža Europska Unija, a posebno Horizon 2020 – nedavno ustanovljeni program EU za inovacije i istraživanje. Poseban je cilj rada mjerenje utjecaja rezultata sveučilišta i vjerojatnosti dobivanje EU programa, odnosno – specifično, projekata financiranih iz Horizona 2020. Dodatni je cilj rada istražiti koliko su visokorangirana sveučilišta uspješna u dobivanju projekata iz Horizona 2020 te, još točnije, koliko su rezultati sveučilišta značajan čimbenik za stopu uspješnosti u natjecanje za Horizon 2020 projekte. Kako bi se izvršila empirijska analiza, uspoređuju se ključna javna sveučilišta na zapadnom Balkanu te se uspoređuju njihovi opći rezultati djelovanja s dobivenim EU programima. U radu se ukazuje da postoji jasna povezanost između rezultata djelovanja i dobivanja projekata Horizona 2020, odnosno pozitivna korelacija između rezultata sveučilišta i visoke stope uspješnosti u dobivanju Horizon projekata.