Korištenje biogoriva u transportu omogućuje smanjenje ovisnosti pojedinih sektora transporta o nafti. Također dovodi i do razvitka ruralnih dijelova, te smanjenje štetne emisije stakleničkih plinova. Trenutno najzastupljenija biogoriva su biodizel i bioetanol, koja su u najvećem postotku dobivena iz šećerne repe, kukuruza, pšenice i uljane repice. To je prva generacija biogoriva. U razvitku su i postupci dobivanja biogoriva iz biomase (lignoceluloze), a ta vrsta biogoriva spada u drugu generaciju biogoriva. Jedna od prednosti biogoriva (biodizela i bioetanola) u odnosu na druga alternatvna goriva je da je tu vrstu biogoriva moguće koristiti u postojećim vozilima bez značajnijih modifikacija postojećih motora, što ovisi o udjelu biogoriva. U radu su razmatrane i dvije analize životnog ciklusa biogoriva, jedna napravljena za američko tržište, a druga za europsko tržište. Pomoću takvih analiza moguće je pratiti CO2 ekvivalentne emisije pri dobivanju biogoriva, te odrediti izvore tih emisija prilikom proizvodnje biogoriva iz različitih sirovina. Te analize također daju uvid u koliko je stvarno smanjenje emisije štetnih plinova u odnosu na fosilna goriva. Prilikom ulaska Hrvatske u Europsku Uniju na Hrvatsku će se primjenjivati odredbe iz Direktive 2003/30/EC o korištenju biogoriva. Prema tim odredbama 5.75% energije dobivene iz fosilnih goriva u transportu potrebno je zamijeniti energijom iz obnovljivih goriva u 2010. godini. Hrvatska može ta biogoriva sama proizvoditi ili ih uvoziti. Ukupnu količinu potrebne energije iz biogoriva moguće je dobiti na više načina, a u ovom radu razmatrana su tri načina i to: 1 - sva potrebna energija dobiva se korištenjem bioetanola, 2 - sva potrebna energija dobiva se korištenjem biodizela, 3 - sva potrebna energija dobiva se korištenjem bioetanola i biodizela. Za biodizel u Hrvatskoj već postoji razrađeni projekt "Projekt Biodizel - uvođenje proizvodnje biodizelskog goriva u Republiku Hrvatsku"" te je u ovome radu težište stavljeno na korištenju bioetanola u cestovnom prometu. U završnom dijelu rada razmatra se pokretanje pilot projekta uporabe bioetanola u RH. U okviru tog projekta planiran je pogon 5 vozila različitim smjesama benzina i etanola (do 85% etanola). Etanol potreban za pogon vozila bi se kupovao od postojećih proizvođača u Hrvatskoj, a kako je takvom etanolu potrebna dodatna obrada i nakon toga skladištenje, ti su troškovi uzeti u obzir. Također, razmotreni su troškovi najma vozila na godinu dana, kao i troškovi različitih pregleda i ispitivanja (motora i ulja) koja bi dali uvid u eventualne posljedice pogona vozila etanolom proizvedenim u Hrvatskoj. Osim navedenih biogoriva jedno od biogoriva, za koje se predviđa porast upotrebe u budućnosti, je i vodik. Međutim, većina studija napravljenih za to biogoriva odnosi se na korištenje toga goriva u vozilima koja potrebnu energiju dobivaju iz gorivnih čelija. U ovome radu razmatraju se biogoriva koja se primjenjuju u vozilima koja koriste motore s unutarnjim izgaranjem. Zbog problema skladištenja vodika i nerazvijene infrastrukture za distribuciju toga goriva, njegova primjena u vozilima koja koriste motore s unutarnjim izgaranjem je vrlo ograničena i neznatna u odnosu na vozila koja koriste ostala biogoriva, kao što su biodizel i bioetanol.