prikaz prve stranice dokumenta Određivanje varijanti gena u populaciji više jedinki iz sekvenciranih očitanja varijabilne duljine
Rad nije dostupan
završni rad
Određivanje varijanti gena u populaciji više jedinki iz sekvenciranih očitanja varijabilne duljine
2022. urn:nbn:hr:168:618276
Lipovac, Matea
Sveučilište u Zagrebu
Fakultet elektrotehnike i računarstva

Citirajte ovaj rad

Lipovac, M. (2022). Određivanje varijanti gena u populaciji više jedinki iz sekvenciranih očitanja varijabilne duljine (Završni rad). Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva. Preuzeto s https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:618276

Lipovac, Matea. "Određivanje varijanti gena u populaciji više jedinki iz sekvenciranih očitanja varijabilne duljine." Završni rad, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, 2022. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:618276

Lipovac, Matea. "Određivanje varijanti gena u populaciji više jedinki iz sekvenciranih očitanja varijabilne duljine." Završni rad, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, 2022. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:618276

Lipovac, M. (2022). 'Određivanje varijanti gena u populaciji više jedinki iz sekvenciranih očitanja varijabilne duljine', Završni rad, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, citirano: 15.04.2024., https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:618276

Lipovac M. Određivanje varijanti gena u populaciji više jedinki iz sekvenciranih očitanja varijabilne duljine [Završni rad]. Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva; 2022 [pristupljeno 15.04.2024.] Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:618276

M. Lipovac, "Određivanje varijanti gena u populaciji više jedinki iz sekvenciranih očitanja varijabilne duljine", Završni rad, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb, 2022. Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:618276

Za citiranje koristite ovu mrežnu adresu: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:618276
Prijavite se u repozitorij kako biste mogli spremiti objekt u svoju listu.
Podaci o radu
NaslovOdređivanje varijanti gena u populaciji više jedinki iz sekvenciranih očitanja varijabilne duljine
Naslov (engleski)Discovering Gene Variants From Variable Length Sequencing Reads
AutorMatea Lipovac
MentorKrešimir Križanović (mentor)
Član povjerenstvaKrešimir Križanović (predsjednik povjerenstva)
Član povjerenstvaMarko Subašić (član povjerenstva)
Član povjerenstvaFilip Bosnić (član povjerenstva)
Ustanova koja je dodijelila
akademski / stručni stupanj		Sveučilište u Zagrebu
Fakultet elektrotehnike i računarstva
Zagreb
Datum i država obrane2022-06-23, Hrvatska
Znanstveno / umjetničko
područje, polje i grana		TEHNIČKE ZNANOSTI
Računarstvo
Sažetak
Tema ovog rada je implementacija vlastitog algoritma za pronalazak alela testiranog na očitanjima MHC gena jelena. Korištena je metoda grupiranja, pisana u programskom jeziku C++, dok je za učitavanje podataka korišten Python. Aleli, kao dijelovi genoma koji kodiraju osobine jedinke, mogu varirati što znači da za isto svojstvo ne mora postojati identičan slijed nukleotida. Stoga proces pronalaska alela nije tako trivijalan te je u ovom radu korištena metoda strojnog učenja, grupiranje, kako bismo ih pronašli. Sami aleli se računaju kao konsenzusi svih sekvenci koje pripadaju jednoj grupi, razvrstanih u iste temeljem Hammingove udaljenosti. Algoritam uspješno pronalazi vrlo zastupljene alele. Vanjski alat korišten u ovom radu je SPOA za poravnanje više sekvenci i određivanje konsenzusa.
Sažetak (engleski)
The aim of this paper is implementation of an algorithm for finding alleles tested on MHC deer genome fragments. The method used in this research is clustering, written in C++ programming language, while the data was parsed using Python. Alleles, or genome variant that encodes phenotypic traits, could vary, meaning for the same trait it is not mandatory that all individuals have an identical nucleotide sequence for it. Therefore, the process of finding alleles is not so trivial. An algorithm was implemented using machine learning method, clustering. The alleles themselves are calculated as consensus of all sequences from a group, assigned to it based on Hamming distance. External tool used in this paper was SPOA for multiple sequence alignment and generating consensus.
Ključne riječi
Ključne riječi (engleski)
Jezikhrvatski
URN:NBNurn:nbn:hr:168:618276
Studijski programNaziv: Računarstvo
Vrsta studija: sveučilišni
Stupanj studija: preddiplomski
Akademski / stručni naziv: sveučilišni/a prvostupnik/ prvostupnica (baccalaureus/baccalaurea) inženjer/inženjerka računarstva (univ.bacc.ing.comp.)
Vrsta resursaTekst
Način izrade datotekeIzvorno digitalna
Prava pristupaZatvoreni pristup
Uvjeti korištenjaIkona licence Zaštićeno autorskim pravom.
Javna napomena
Datum i vrijeme pohrane2023-01-14 20:59:01