prikaz prve stranice dokumenta Mapiranje dugačkih očitanja
Rad nije dostupan
završni rad
Mapiranje dugačkih očitanja
2019. urn:nbn:hr:168:013217
Pongračić, Kristijan
Sveučilište u Zagrebu
Fakultet elektrotehnike i računarstva

Citirajte ovaj rad

Pongračić, K. (2019). Mapiranje dugačkih očitanja (Završni rad). Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva. Preuzeto s https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:013217

Pongračić, Kristijan. "Mapiranje dugačkih očitanja." Završni rad, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, 2019. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:013217

Pongračić, Kristijan. "Mapiranje dugačkih očitanja." Završni rad, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, 2019. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:013217

Pongračić, K. (2019). 'Mapiranje dugačkih očitanja', Završni rad, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, citirano: 19.04.2024., https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:013217

Pongračić K. Mapiranje dugačkih očitanja [Završni rad]. Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva; 2019 [pristupljeno 19.04.2024.] Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:013217

K. Pongračić, "Mapiranje dugačkih očitanja", Završni rad, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb, 2019. Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:013217

Za citiranje koristite ovu mrežnu adresu: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:013217
Prijavite se u repozitorij kako biste mogli spremiti objekt u svoju listu.
Podaci o radu
NaslovMapiranje dugačkih očitanja
Naslov (engleski)Long Reads Mapping
AutorKristijan Pongračić
MentorMile Šikić (mentor)
Član povjerenstvaMile Šikić (predsjednik povjerenstva)
Član povjerenstvaKrešimir Križanović (član povjerenstva)
Član povjerenstvaRobert Vaser (član povjerenstva)
Ustanova koja je dodijelila
akademski / stručni stupanj		Sveučilište u Zagrebu
Fakultet elektrotehnike i računarstva
Zagreb
Datum i država obrane2019-07-12, Hrvatska
Znanstveno / umjetničko
područje, polje i grana		TEHNIČKE ZNANOSTI
Računarstvo
Sažetak
Mapiranje dugačkih očitanja jest problem pronalaska dijela reference na koje bi se konkretno očitanje moglo najbolje poravnati. U ovom radu opisana je implementacija programa koji mapira dugačka očitanja. Program je napisan u programskom jeziku C++. Koristi se pristup u kojem se ne gleda cijelo očitanje, već samo krajevi duljine K. Referenca se podijeli na regije duljine 2K s preklapanjem od K te se indeksira. Indeksiranjem krajeva očitanja te usporedbom s indeksima na referenci mogu se brzo filtrirati kandidatne pozicije. Rezultati su uspoređeni s Minimap2 metodom. Izvorni kôd dostupan je na https://github.com/lbcb-edu/BSc-thesis-18-19/tree/kpongracic.
Sažetak (engleski)
Long reads mapping is problem of finding a part of a reference on which a particular read could be best aligned. This paper describes the method for long reads mapping. It was written in C++ programming language. In our approach instead of whole read we use only read ends of length K for finding candidate positions on the reference genome. The reference is divided into regions of length 2K with overlapping of K and is beeing indexed. By indexing the reads ends and by comparing the indexes with references, the candidate positions can be filltered quickly. The results are compared with the Minimap2 tool. Source code is available at https://github.com/lbcb-edu/BSc-thesis-18-19/tree/kpongracic.
Ključne riječi
Ključne riječi (engleski)
Jezikhrvatski
URN:NBNurn:nbn:hr:168:013217
Studijski programNaziv: Računarstvo
Vrsta studija: sveučilišni
Stupanj studija: preddiplomski
Akademski / stručni naziv: sveučilišni/a prvostupnik/ prvostupnica (baccalaureus/baccalaurea) inženjer/inženjerka računarstva (univ.bacc.ing.comp.)
Vrsta resursaTekst
Način izrade datotekeIzvorno digitalna
Prava pristupaZatvoreni pristup
Uvjeti korištenjaIkona licence Zaštićeno autorskim pravom.
Javna napomena
Datum i vrijeme pohrane2020-01-07 21:28:58